MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI1T1 complete sequence

Total Repeats: 432

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020530	TCA	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
2	NC_020530	TAG	2	6	942	947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
3	NC_020530	ATT	2	6	1013	1018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
4	NC_020530	CTTA	2	8	1096	1103	25 %	50 %	0 %	25 %	472455755
5	NC_020530	ATC	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
6	NC_020530	GCA	2	6	1187	1192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455755
7	NC_020530	CAT	2	6	1203	1208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
8	NC_020530	T	7	7	1254	1260	0 %	100 %	0 %	0 %	472455755
9	NC_020530	TGA	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
10	NC_020530	T	6	6	1461	1466	0 %	100 %	0 %	0 %	472455755
11	NC_020530	AAT	2	6	1474	1479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
12	NC_020530	AGTA	2	8	1584	1591	50 %	25 %	25 %	0 %	472455755
13	NC_020530	TTC	2	6	1639	1644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
14	NC_020530	ATT	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
15	NC_020530	TGT	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455755
16	NC_020530	TTC	2	6	1759	1764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
17	NC_020530	TTC	2	6	1861	1866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
18	NC_020530	TAGA	2	8	1867	1874	50 %	25 %	25 %	0 %	472455755
19	NC_020530	AC	3	6	1890	1895	50 %	0 %	0 %	50 %	472455755
20	NC_020530	T	6	6	1897	1902	0 %	100 %	0 %	0 %	472455755
21	NC_020530	CCA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455755
22	NC_020530	GC	3	6	2117	2122	0 %	0 %	50 %	50 %	472455755
23	NC_020530	AAT	2	6	2149	2154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
24	NC_020530	AGT	2	6	2201	2206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
25	NC_020530	TCA	2	6	2237	2242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
26	NC_020530	AGC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455755
27	NC_020530	AC	3	6	2301	2306	50 %	0 %	0 %	50 %	472455755
28	NC_020530	CCAT	2	8	2321	2328	25 %	25 %	0 %	50 %	472455755
29	NC_020530	ATA	2	6	2357	2362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
30	NC_020530	ATT	2	6	2393	2398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
31	NC_020530	CTT	2	6	2424	2429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
32	NC_020530	ACA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455755
33	NC_020530	ATG	2	6	2549	2554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
34	NC_020530	TCA	2	6	2577	2582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
35	NC_020530	TCT	2	6	2693	2698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
36	NC_020530	TAG	2	6	2734	2739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
37	NC_020530	T	6	6	2764	2769	0 %	100 %	0 %	0 %	472455755
38	NC_020530	TCT	2	6	2786	2791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
39	NC_020530	TTC	2	6	2890	2895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
40	NC_020530	TCT	2	6	3041	3046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
41	NC_020530	CAT	2	6	4133	4138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455756
42	NC_020530	TTAA	2	8	4207	4214	50 %	50 %	0 %	0 %	472455756
43	NC_020530	TAT	2	6	4229	4234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
44	NC_020530	T	6	6	4257	4262	0 %	100 %	0 %	0 %	472455756
45	NC_020530	TTTA	2	8	4296	4303	25 %	75 %	0 %	0 %	472455756
46	NC_020530	AGC	2	6	4317	4322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455756
47	NC_020530	T	6	6	4338	4343	0 %	100 %	0 %	0 %	472455756
48	NC_020530	TAATT	2	10	4360	4369	40 %	60 %	0 %	0 %	472455756
49	NC_020530	GTT	2	6	4421	4426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455756
50	NC_020530	T	6	6	4431	4436	0 %	100 %	0 %	0 %	472455756
51	NC_020530	TAT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
52	NC_020530	ATC	2	6	4569	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455756
53	NC_020530	T	6	6	4590	4595	0 %	100 %	0 %	0 %	472455756
54	NC_020530	TTA	2	6	4603	4608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
55	NC_020530	TTGAAG	2	12	4649	4660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455756
56	NC_020530	T	8	8	4746	4753	0 %	100 %	0 %	0 %	472455756
57	NC_020530	CAATTA	2	12	4814	4825	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	472455756
58	NC_020530	AAT	2	6	4885	4890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455756
59	NC_020530	TAT	2	6	4921	4926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
60	NC_020530	AAG	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
61	NC_020530	TTA	2	6	4960	4965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
62	NC_020530	TTA	2	6	5005	5010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
63	NC_020530	T	6	6	5011	5016	0 %	100 %	0 %	0 %	472455757
64	NC_020530	CTT	2	6	5077	5082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
65	NC_020530	TC	3	6	5114	5119	0 %	50 %	0 %	50 %	472455757
66	NC_020530	TAA	2	6	5130	5135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
67	NC_020530	AAT	2	6	5140	5145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
68	NC_020530	AAGT	2	8	5163	5170	50 %	25 %	25 %	0 %	472455757
69	NC_020530	CATAA	2	10	5185	5194	60 %	20 %	0 %	20 %	472455757
70	NC_020530	ACC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455757
71	NC_020530	ATA	2	6	5258	5263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
72	NC_020530	TTA	2	6	5291	5296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
73	NC_020530	TTA	2	6	5323	5328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
74	NC_020530	A	7	7	5375	5381	100 %	0 %	0 %	0 %	472455757
75	NC_020530	GATAC	2	10	5389	5398	40 %	20 %	20 %	20 %	472455757
76	NC_020530	A	8	8	5416	5423	100 %	0 %	0 %	0 %	472455757
77	NC_020530	AT	3	6	5481	5486	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
78	NC_020530	AT	3	6	5538	5543	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
79	NC_020530	TCT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
80	NC_020530	TAT	3	9	5613	5621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
81	NC_020530	AAAG	2	8	5651	5658	75 %	0 %	25 %	0 %	472455757
82	NC_020530	TAA	2	6	5700	5705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
83	NC_020530	TAT	2	6	5742	5747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
84	NC_020530	T	6	6	5770	5775	0 %	100 %	0 %	0 %	472455757
85	NC_020530	AT	3	6	5783	5788	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
86	NC_020530	CATT	2	8	5794	5801	25 %	50 %	0 %	25 %	472455757
87	NC_020530	AGA	2	6	5827	5832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
88	NC_020530	TTAA	2	8	5833	5840	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
89	NC_020530	AAG	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
90	NC_020530	A	6	6	5860	5865	100 %	0 %	0 %	0 %	472455757
91	NC_020530	AATT	2	8	5873	5880	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
92	NC_020530	T	6	6	5904	5909	0 %	100 %	0 %	0 %	472455757
93	NC_020530	ATTATA	2	12	5957	5968	50 %	50 %	0 %	0 %	472455757
94	NC_020530	GAA	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
95	NC_020530	AAAG	2	8	6085	6092	75 %	0 %	25 %	0 %	472455757
96	NC_020530	ATTT	2	8	6127	6134	25 %	75 %	0 %	0 %	472455757
97	NC_020530	ATG	2	6	6167	6172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455757
98	NC_020530	ACTCA	2	10	6316	6325	40 %	20 %	0 %	40 %	472455757
99	NC_020530	AATTA	2	10	6329	6338	60 %	40 %	0 %	0 %	472455757
100	NC_020530	TAA	2	6	6342	6347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
101	NC_020530	TGGA	2	8	6373	6380	25 %	25 %	50 %	0 %	472455757
102	NC_020530	ATG	2	6	6430	6435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455757
103	NC_020530	A	6	6	6457	6462	100 %	0 %	0 %	0 %	472455757
104	NC_020530	TCT	2	6	6478	6483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
105	NC_020530	ATT	2	6	6486	6491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
106	NC_020530	ACAGGT	2	12	6529	6540	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472455757
107	NC_020530	TAA	2	6	6558	6563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
108	NC_020530	GGT	2	6	6566	6571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455757
109	NC_020530	TAT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
110	NC_020530	A	6	6	6668	6673	100 %	0 %	0 %	0 %	472455757
111	NC_020530	AAATTT	2	12	7380	7391	50 %	50 %	0 %	0 %	472455758
112	NC_020530	TTG	2	6	7514	7519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455758
113	NC_020530	TAGA	2	8	7529	7536	50 %	25 %	25 %	0 %	472455758
114	NC_020530	TAA	2	6	7581	7586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455758
115	NC_020530	AGA	2	6	7611	7616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455758
116	NC_020530	GCA	2	6	7672	7677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455758
117	NC_020530	TTC	2	6	7713	7718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455758
118	NC_020530	GTC	2	6	7760	7765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455758
119	NC_020530	TAAA	2	8	7775	7782	75 %	25 %	0 %	0 %	472455758
120	NC_020530	AAT	2	6	7894	7899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455758
121	NC_020530	ATAA	2	8	7913	7920	75 %	25 %	0 %	0 %	472455758
122	NC_020530	ATGA	2	8	8042	8049	50 %	25 %	25 %	0 %	472455759
123	NC_020530	ATC	2	6	8069	8074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455759
124	NC_020530	AAG	2	6	8185	8190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
125	NC_020530	ATG	2	6	8257	8262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455759
126	NC_020530	ATT	2	6	8265	8270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455759
127	NC_020530	ATT	2	6	8281	8286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455759
128	NC_020530	AAAAGA	2	12	8288	8299	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	472455759
129	NC_020530	ATG	2	6	8328	8333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455759
130	NC_020530	AG	3	6	8414	8419	50 %	0 %	50 %	0 %	472455759
131	NC_020530	TA	3	6	8476	8481	50 %	50 %	0 %	0 %	472455759
132	NC_020530	CTTTA	2	10	8491	8500	20 %	60 %	0 %	20 %	472455759
133	NC_020530	TTAT	2	8	8533	8540	25 %	75 %	0 %	0 %	472455759
134	NC_020530	GTG	2	6	8547	8552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455759
135	NC_020530	AGA	2	6	8561	8566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
136	NC_020530	AAG	2	6	8593	8598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
137	NC_020530	ATT	2	6	9560	9565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455760
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267	NC_020530	AATAT	2	10	15066	15075	60 %	40 %	0 %	0 %	472455764
268	NC_020530	AAT	2	6	15084	15089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
269	NC_020530	ATA	2	6	19051	19056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455765
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271	NC_020530	TCA	2	6	19127	19132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455765
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275	NC_020530	A	6	6	19286	19291	100 %	0 %	0 %	0 %	472455765
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279	NC_020530	T	7	7	19459	19465	0 %	100 %	0 %	0 %	472455765
280	NC_020530	TTA	2	6	19529	19534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455765
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283	NC_020530	T	6	6	19661	19666	0 %	100 %	0 %	0 %	472455765
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293	NC_020530	AAGC	2	8	20185	20192	50 %	0 %	25 %	25 %	472455766
294	NC_020530	TTA	2	6	20193	20198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455766
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298	NC_020530	AAT	2	6	20473	20478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455766
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394	NC_020530	TTC	2	6	27411	27416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455772
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396	NC_020530	TTC	2	6	27561	27566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455772
397	NC_020530	CCA	2	6	28168	28173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455773
398	NC_020530	TAA	2	6	28189	28194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455773
399	NC_020530	GCT	2	6	28228	28233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455773
400	NC_020530	T	6	6	28235	28240	0 %	100 %	0 %	0 %	472455773
401	NC_020530	CAC	2	6	28317	28322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455773
402	NC_020530	GAT	2	6	28344	28349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455773
403	NC_020530	TGA	2	6	28355	28360	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455773
404	NC_020530	ACC	2	6	28399	28404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455773
405	NC_020530	ATAG	2	8	28464	28471	50 %	25 %	25 %	0 %	472455773
406	NC_020530	CTTGA	2	10	28485	28494	20 %	40 %	20 %	20 %	472455773
407	NC_020530	TCC	2	6	28614	28619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455773
408	NC_020530	CCA	2	6	28672	28677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455773
409	NC_020530	AAG	2	6	28751	28756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455773
410	NC_020530	CTT	2	6	28858	28863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455774
411	NC_020530	ATC	2	6	28868	28873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455774
412	NC_020530	CTTT	2	8	29031	29038	0 %	75 %	0 %	25 %	472455774
413	NC_020530	AACT	2	8	29059	29066	50 %	25 %	0 %	25 %	472455774
414	NC_020530	TA	3	6	29127	29132	50 %	50 %	0 %	0 %	472455774
415	NC_020530	ATAAA	2	10	29154	29163	80 %	20 %	0 %	0 %	472455774
416	NC_020530	TAGG	2	8	29182	29189	25 %	25 %	50 %	0 %	472455774
417	NC_020530	ATTC	2	8	29224	29231	25 %	50 %	0 %	25 %	472455774
418	NC_020530	AAC	2	6	29271	29276	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455774
419	NC_020530	T	6	6	29306	29311	0 %	100 %	0 %	0 %	472455774
420	NC_020530	ACA	2	6	30040	30045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455775
421	NC_020530	TG	3	6	30046	30051	0 %	50 %	50 %	0 %	472455775
422	NC_020530	CAA	2	6	30181	30186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455775
423	NC_020530	GCA	2	6	30222	30227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455775
424	NC_020530	CTTTA	2	10	30278	30287	20 %	60 %	0 %	20 %	472455775
425	NC_020530	TCC	2	6	30312	30317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455775
426	NC_020530	TACC	2	8	30325	30332	25 %	25 %	0 %	50 %	472455775
427	NC_020530	CAG	2	6	30358	30363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455775
428	NC_020530	T	7	7	30385	30391	0 %	100 %	0 %	0 %	472455775
429	NC_020530	TGC	2	6	30470	30475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455775
430	NC_020530	TTAC	2	8	30504	30511	25 %	50 %	0 %	25 %	472455775
431	NC_020530	T	6	6	30545	30550	0 %	100 %	0 %	0 %	472455775
432	NC_020530	T	7	7	30647	30653	0 %	100 %	0 %	0 %	472455775

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.